TortoiseGitで変更ファイル一覧がおかしいときはGit GUIで表示すると直るっぽい

フォルダを丸ごと削除して新規作成で入れ替えを行った場合は，
TortoiseGitだと全ファイルが変更扱いになってしまいます。
＃フォルダ毎入れ替えるなという突っ込みは置いておいて，，

変更がないファイルが大量にある場合はうざいことになるので，
何か解決方法が無いかなと思ってGit GUIで一度表示してみたら，
無事変更があったファイルのみ一覧されるようになりました。

とりあえず，この方法で解決？

動作環境
Windows XP Pro SP3